Борободур построен как огромная ступа, которая выполнена в фогме гигантской мандалы. Фундамент ступы квадратный со стороной 118 м. У ступы имеются восемь ярусов, пять нижних — квадратные, а три верхние — круглые. Эта мандала выражает схему мироздания в соответствии с буддийскими представлениями (см. Абхидхарма). На верхнем ярусе расположено 72 малых ступ вокруг больгой центральной ступы. Каждая ступа в форме колокола с большим количеством украшений. Внутри ступ помещены статуи Будды.

До сих пор Борободур является местом паломничества и молитв. Паломники семь раз проходят вокруг на каждом ярусе уровня по часовой стрелке. Прикосновение к каждому Будде из ступ на верхнем ярусе через выемуи в ступе, согласно повериям, приносит счастье.